Jakarta, 1946. De oorlog is voorbij en de Japanners zijn weg, maar de Nederlanders willen hun koloniale macht gewoon hervatten. De Indonesische roep om onafhankelijkheid groeit – en met die spanning ook het verzet wat leidt tot bloederige gevechten in de straten van Djakarta. En niet alleen daar maar ook thuis bij voormalig vrijheidsstrijder Isa en zijn vrouw Fatimah. Isa krijgt namelijk de opdracht een hoge Nederlandse officier te vermoorden. We volgen hem met zijn vrouw Fatimah en goede vriend Hazil bij hun voorbereidingen op een aanslag in een nachtclub waar veel Nederlandse militairen komen. Maar echt gevaarlijk wordt het pas als Hazil een affaire begint met Isa’s vrouw. Djakarta 1946 vertelt geen verhaal van groots patriottisme of geweld, maar richt zich op de kleine, persoonlijke verzetsdaden, en hoe die verweven zijn met het persoonlijke leven van de hoofdpersonen. Het resultaat is een menselijke en genuanceerde kijk op het Indonesië van toen.
De broeierige sfeer en de fraaie, grimmige locaties - vol vergane glorie - geven de film een eigen gezicht. Dat geldt ook voor de karakterisering van de vrijheidsstrijders, die lang niet allemaal nobel zijn.