1789. Maeseyck. In het grensstadje zijn er op het einde van de 18e eeuw overvallen van de 'Bokkenrijders' - een beruchte dievenbende die met bokken door de lucht zouden vliegen. In een wereld die getroffen is door pest en honger, proberen twee gerechtsdienaars het mysterie van de Bokkenrijders te ontrafelen, maar ze worden geconfronteerd met corruptie, verraad en zelfs de duivel.

In de 18de eeuw hebben zeven Bokkenrijdersbendes de regio van Belgisch- en Nederlands Limburg onveilig gemaakt. Het gerecht trad buitensporig hardhandig op waardoor er heel veel onschuldige mensen zijn terechtgesteld. Naar schatting zo’n 450 mannen en vrouwen.

Zondebokken vertelt het verhaal over gewone mensen die geconfronteerd worden met de brutaliteit van sociale ongelijkheid waarin ze proberen te overleven. Het is een film die laat zien dat de geschiedenis van de 18de eeuw zich in vele opzichten opnieuw herhaalt.